A Fundação Neotrópica do Brasil tem como princípios promover e realizar ações de conservação da Natureza para garantir a manutenção dos diferentes ambientes naturais e da diversidade de vida na Terra (Artigo 3º do Estatuto Social).

Seus objetivos são (Artigo 4º do Estatuto Social):

I. Promover e patrocinar trabalhos e pesquisas sobre Ecologia e Conservação da Natureza, inclusive para a recuperação de ecossistemas alterados;

II. Promover a criação, a implantação e o manejo adequado de unidades de conservação e outras áreas naturais relevantes;

III. Promover congressos, simpósios e estudos sobre Ecologia e Conservação da Natureza, bem como promover ou ministrar cursos sobre os mesmos temas;

IV. Promover a educação e a mobilização da sociedade visando a conservação da natureza;

V. Instituir e patrocinar, estágios, bolsas de estudos, premiações e concursos que contribuam para a consecução da Conservação da Natureza; e

VI. Colaborar com as comunidades próximas aos projetos ambientais em que a Fundação esteja envolvida;

VII. Promover o turismo como instrumento de conservação da natureza e do meio ambiente por meio da realização de eventos técnicos e científicos, projetos de pesquisa e iniciativas de capacitação de recursos humanos.